Im Jahr 1136 stifteten Heinrich und Rapoto von Schwarzenburg das Benediktinerkloster Cella Sanctae Mariae, das "Marienzelle" bedeutet, unterstützt von Markgraf Leopold III. Mit der Zeit entwickelte sich das Kloster zum geistlichen Zentrum des oberen Triestingtales. Im ersten Drittel des 14. Jahrhunderts erfuhr das Kloster große Zubauten, z.B. ein Refektorium oder eine Wasserleitung zum Waschhaus. 1464 wurde das Kloster erstmalig zerstört, und zwar von den Ungarischen Brüdern, 1529 und 1532 von den Türken. Daraufhin stand die Klosterkirche nahezu 80 Jahre leer und alle Gottesdienste mußten in der kleineren, direkt nebenan stehenden Pfarrkirche St. Thomas abgehalten werden.

Erst im Jahre 1609 konnte auch die nun wieder hergestellte Klosterkirche wieder eingeweiht werden. Zu diesem Zeitpunkt begann auch das religiöse Leben im Kloster nach der Krise des 16. Jhdts. allmählich wieder aufzublühen, so dass ab Ende des 17. und im 18. Jahrhundert die seelsorglichen Aufgaben des Klosters ausgeweitet wurden. im zweiten Viertel des 18. Jahrhunderts schlitterte das – personell gut besetzte - Kloster jedoch in eine wirtschaftliche Misere. Durch Berufung des P. Jacob Pach aus Kremsmünster in Oberöstereich zum neuen Abt im Jahre 1752 konnte schließlich ein Voraussetzung zur Sanierung geschaffen werden.

Mit "starker Hand" gelang es ihm innerhalb kürzester Zeit, nicht nur die Schulden zu verringern und die Wirtschaft zu reformieren, sondern auch ganz wesentliche bauliche Maßnahmen u. a. in der Klosterkirche vorzunehmen. Diese, eigentlich noch immer die romanische Pfeilerbasilika des 13. Jhdts., wurde im Stile der Zeit "verpackt" und mit Fresken des Trogerschülers Johann Bergl ausgestattet. So beherbergt die Kirche von Klein-Mariazell noch heute das Hauptwerk dieses bedeutenden Malers.

Nach dem Tod Maria Theresias, entwickelten sich einige Tendenzen, die dem Klosterwesen gegenüber aus verschiedenen Gründen negativ eingestellt waren. Unter Joseph II., dessen Kirchenpolitik darauf abzielte, die Zahl der Klöster und ihre Mitglieder zu verringern, wurde das Kloster schließlich am 5. November 1782 nach 646-jährigem Bestehen aufgehoben. Das ehemalige Kloster wurde später zunächst dem Stift Melk unterstellt, wohin zahlreiche Mönche geschickt wurden, später Kremsmünster. Die Bibliothek wurde 1790 in das Stift Lilienfeld übersiedelt. Die Güter wurden nach und nach verkauft. 1825 wurde das Kloster versteigert.

Aus den Klosteranlagen wurde ein Schloss, aus dem Klosterbesitz Privatbesitz. Der Kirche blieb zu ihrer Erhaltung ein Küchengarten und ein kleines Stück Wiese. 1940 wurde aus dem Schloss ein Umsiedlungslager, 1945 wurde der gesamte Besitz zum deutschen Eigentum erklärt und daher bis 1955 von den russischen USIA-Betrieben verwaltet. 1964 wurde schließlich das im Kern durchwegs aus dem 12.-15. Jahrhundert stammende Klostergebäude nahezu vollständig abgerissen. Das damals in Österreich am vollständigsten erhaltene mittelalterliche Gebäude eines Benediktinerklosters war somit zum größten Teil für alle Zeiten verloren.

Seit dem Jahre 2000 ist die Wallfahrtskirche Klein Mariazell ein Veranstaltungsort für das Festival "cellensis".

Am 15. November 2007 wurde die Pfarr- und Wallfahrtskirche zur Basilika erhoben.

Nähere Informationen unter: www.kleinmariazell.at und www.altenmarkt.co.at